भक्तो एवं शिष्यों के कल्याण हेतु उनकी प्रार्थना पर आपने एक संस्था की स्थापना 30 नवम्बर सं 1979 में शिर्डी में करी जिसका वर्तमान में नाम श्री साईदास बाबा आध्यात्म एवं सेवा संगठन है | इसके अंतर्गत श्री साई कौंसिल भारत वह वित्त व्हिभाग है जो की प्प्रशासन द्वारा पंजीबद्ध है तथा इसके अंतर्गत भारतवर्ष में संस्था की अनेक प्रतिष्ठान बनेगे | वर्तमान में जबलपुर के ग्वारी घाट के पास नर्मदा नदी के किनारे निर्माणाधीन आश्रम स्थल पर शिर्ड के साई बाबा का विशाल मंदिर बनकर तैयार है | एस सस्थान का नाम पूज्य बाबा ने “श्री साई तीर्थम” रखा है |